Článek
Vojtaššák patřil mezi tři slovenské biskupy jmenované v roce 1920 v Československu v rámci náhrady za biskupy maďarské národnosti. Byl politicky aktivní, podporoval Andreje Hlinku a jeho snahy o slovenskou autonomii. Po vzniku Slovenského štátu byl jmenován místopředsedou Státní rady. Podle oficiálních dokumentů byl biskup přítomen zasedání slovenské vlády v roce 1942, na kterém předseda tehdejšího kabinetu Vojtech Tuka předložil plán deportace 58 tisíc Židů, z nichž většina zahynula v koncentračních táborech. Vojtaššák byl zatčen v roce 1950 a odsouzen k 24 letům vězení. Po pádu komunismu byl v roce 1990 rehabilitován.
Některé zdroje však Vojtaššáka hájí tvrzením, že právě on upozornil prezidenta válečného Slovenského štátu Jozefa Tisa na vyhlazovací charakter koncentračních táborů a postavil se proti deportacím, a považují ho za oběť komunistických perzekucí namířených proti představitelům církve.
Deska připomínající 100. výročí svěcení prvních slovenských biskupů (Ján Vojtaššák je vpravo)
Proces Vojtaššákova blahořečení pozastavil Vatikán v roce 2003 pro jeho činy v průběhu druhé světové války. Deník Sme v této souvislosti upozornil, že věřící se nyní v kostelích po celém Slovensku modlí za jeho blahořečení. „Důvodem blahořečení Jána Vojtaššáka je oběť, kterou přinesl jako mučedník v době vlády komunistické strany, usilující o likvidaci církve a náboženství vůbec. Byl nespravedlivě uvězněný, mučený, ponižovaný a odsouzený. Ve vězení trpěl jedenáct let,“ říká mluvčí Konference biskupů Slovenska Martin Kramara.
Deník Sme upozornil také na smutný paradox dějin, že Vojtaššáka soudili v procesu církevních hodnostářů společně s biskupem Pavlem Gojdičem, který dostal izraelské ocenění Spravedlivý mezi národy za záchranu židovských životů.