Výzkumnice z Akademie věd odhalily nákazu dvěma liniemi viru u divoké myši z Afriky

Koinfekce, tedy nakažení minimálně dvěma liniemi viru, umožňuje viru rychle změnit svůj genom, což může posílit jeho vlastnosti.

Týmy z ÚBO AV ČR dlouhodobě zkoumají viry u drobných savců a mají na kontě již několik objevů, zejména tento nový pohled na evoluci viru nebo zjištění nových zvířecích virů v Africe.

A nyní si tak připisují další úspěch: nákazu dvěma liniemi viru mafiga u divoké myši z Tanzanie (Lemniscomys rosalia). Mezi virology jde o unikátní objev, jelikož výskyt více linií viru ve stejném organismu nelze zjistit standardními sekvenačními metodami.

„Objev koinfekce v divokých populacích živočichů je vždy zajímavý a zaslouží si naši pozornost. V našem případě jde o první pozorovaný případ u mammarenavirů ve volné přírodě. Případy koinfekce známe z laboratoří např. u podobných virů plazů, tzv. reptarenavirů, ale ve volné přírodě je takové pozorování velmi vzácné,“ vysvětlila Laura Cuypers, hlavní autorka publikace, Ph.D. studentka na Univerzitě v Antverpách a badatelka z ÚBO AV ČR.

„Nikdo moc neví, jak častá vlastně koinfekce je a jak k ní dochází,“ dodala vědkyně Joëlle Goüy de Bellocq, vedoucí výzkumné skupiny Evoluční interakce holobiontů z ÚBO.

„Virus u tohoto druhu myši jsem objevila již v roce 2010 u jednoho jedince z Tanzanie. Když se nám při běžném virologickém screeningu objevil u stejného druhu myši v roce 2020 další pozitivní vzorek, který nebyl úplně totožný s tím prvním, rozhodli jsme se pro genomickou analýzu, abychom mohli popsat celý genom tohoto viru. A právě tato analýza odhalila, že myš je ve skutečnosti infikována dvěma různými liniemi,“ popsala.

Získání pozitivního vzorku obnáší zkontrolovat i několik stovek myší nejprve klasickými metodami a pozitivní vzorky pak znovu analyzovat metodami, které se zaměřují na celý genom.

„Jde vlastně o podobné metody, které jsou dnes v obecném povědomí kvůli pandemii SARS-CoV-2. Nejprve se udělá PCR diagnostika - tj. namnožení krátkého úseku virového genomu - a klasické sekvenování tohoto krátkého úseku. Teprve u takto předem vybraných vzorků se provádí sekvenování celých genomů. Důvodem je finanční náročnost, náklady na celkové genomové sekvenování jsou řádově vyšší než u klasického sekvenování PCR produktu,“ poznamenala Dagmar Čížková, vědkyně z ÚBO AV ČR zodpovědná za genomické analýzy.

Náročnější jsou podle ní také analýzy úplných genomových dat, kdy je potřeba poměrně velkých výpočetních kapacit a zvládnutí dost složitých bioinformatických postupů. Jenže to všechno představovalo zde jediný možný způsob, jak nejen potvrdit objev nového druhu mammarenaviru, ale též jak odhalit koinfekci, tedy přítomnost vícero podobných virových genomů v jediném vzorku.

U virů s nízkou prevalencí (výskytem v populaci) je objev koinfekce o to složitější. Prevalence u většiny mammarenavirů je velmi nízká. I proto ho vědkyně přirovnaly k objevu zlata.

Koinfekce, tedy nakažení organismu dvěma liniemi viru, je příležitostí k jejich vzájemnému „zkřížení“. Může vést k náhlému vzniku nových virových variant „kříženců“ s podstatně odlišnými vlastnostmi. Rozdíly mohou nastat třeba ve schopnosti proniknout do nového hostitele či ve změnách infektivity a virulence u stávajícího hostitele.