O jména členů vlády se hádali Klaus i Havel

Havel s jeho jmenováním několik týdnů otálel. "Ty výhrady nejsou ani osobní, ani politické, jsou to výhrady filozofické. Já prostě nesouhlasím s jeho viděním, s jeho pojetím ekonomiky, jeho 'technologické zóny' považuji za zničení naší země," řekl Havel. Grégra přesto na konci května vicepremiérem jmenoval.

Své výhrady měl také Václav Klaus. Hlasitě je dal najevo v březnu 2003, kdy ho premiér Vladimír Špidla (ČSSD) žádal, aby odvolal ministra průmyslu Jiřího Rusnoka a na jeho místo byl jmenován Milan Urban (ČSSD).

Klaus reagoval prohlášením, že Špidlovi vyhoví, ale nejprve chce vědět, jestli Urban ovládá alespoň jeden světový jazyk a zda je změna vlády konečná. Klaus Urbana nakonec jmenoval 19. března poté, co mu Špidla sdělil, že žádné další změny neplánuje a mluvčí vlády oznámila, že Urban mluví anglicky a francouzsky.

U Klause v říjnu roku 2005 narazil i premiér Jiří Paroubek, když žádal hlavu státu o jmenování Davida Ratha ministrem zdravotnictví. Prezident odmítl Ratha jmenovat, vadilo mu Rathovo působení ve funkci ministra a prezidenta České lékařské komory (ČLK), což podle Klause bylo v rozporu s Ústavou ČR. Rath v té souvislosti označil Klause za „vrtošivého staříka”, u nějž nemá záruku, že si po splnění jeho podmínky nenajde jinou záminku k nejmenování.

Paroubek poté Ratha jmenoval prvním náměstkem a pověřil ho řízením ministerstva. Začátkem listopadu Rath odešel z čela ČLK a 4. listopadu jej Klaus jmenoval ministrem.

Potíže nastaly i premiérovi Mirkovi Topolánkovi, když v prosinci 2006 předložil prezidentovi Václavu Klausovi seznam kandidátů na ministry ve svém druhém kabinetu. Hlava státu dala při této příležitosti veřejně najevo svou nelibost s nominací Karla Schwarzenberga (tehdy ODA) na post šéfa české diplomacie.

Podle Klause nebyl Schwarzenberg vhodným kandidátem kvůli svým úzkým vazbám na Rakousko, jež by mu mohly bránit v hájení zájmů a postojů České republiky.

Schwarzenberga i další ministry Topolánkova koaličního kabinetu nakonec Klaus 9. ledna 2007 do funkce jmenoval.

Nepříjemnosti s personálním obsazením ministerstev řešil i ministerský předseda Petr Nečas (ODS). Po rezignaci ministra obrany Alexandra Vondry (ODS) na počátku prosince 2012 navrhl Nečas na jeho místo místopředsedkyni vlády Karolínu Peake (LIDEM).

Prezident Václav Klaus nominaci kritizoval. "Nedokážu si představit, že se paní Peake stane přes noc odbornicí na armádu a že vojáci, statní mužové, přijmou takovou dívenku v roli ministryně obrany," řekl Klaus. Peake ale následně ministryní obrany jmenoval. Ve funkci vydržela pouhých osm dní, načež byla z funkce na Nečasovu žádost odvolána.