Petr Kratochvíl působí na Ústavu mezinárodních vztahů v Praze a přednáší na Sciences-Po v Paříži a na Metropolitní univerzitě Praha. Publikoval desítky odborných knih a vědeckých studií a jeho výzkum se nachází na pomezí mezinárodních vztahů, religionistiky a sociologie. V posledních letech působil též na univerzitě La Sapienza v Římě a byl řečníkem na Nobelovském sympoziu. Působí také v řídicím výboru Konference evropských církví.